Voici les titres des premiers épisodes:

5.01 Search and Rescue
5.02 The Seed
5.03 Broken Ties
5.04 The Daedalus Varations
5.05 Ghost in the Machine
5.06 Amort
5.07 Whispers
5.08 Tracker
5.09 The Queen

Rappelons que dans le dernier épisode de la saison 4, Sheppard, en retournant sur Atlantis à la suite d'une mission trouvait la cité abandonnée et entourée de dunes de sables à la place de l'océan.

Les résumés de quelques épisodes sont connus.

Dans le premier de cette saison, Sheppard revient du futur. Le lieutenant Edison revient sur Atlantis sans le reste de son équipe: ils sont tombés dans un piège et une bombe a explosée.

Le Dédale étant trop loin pour les aider, Carter organise une mission de secours.

L’équipe se sert de 3 Jumpers pour le secours et une fois sauvé, McKay se met aux commandes d’un des Jumper accompagné de Carter comme copilote Soudain, ils sont attaqués par des Darts sous les ordres de Michael. Les Wraiths empêchent l’équipe de fuir par la porte des étoiles et l’équipe découvre que Michael est à la recherche des survivants de l’explosion qui sont sur la planète. Ne pouvant s'enfuir, les Jumpers s'occultent et décident de rester en orbite en attendant l’arrivée du Dédale...

Puis dans le troisième épisode, les Wraiths capturent Ronon et tentent de le transformer en adorateur des Wraiths en lui faisant un lavage de cerveau.

Enorme changement pour Ronon qui perdra ses dreadlocks. Jason Momoa s'est coupé les cheveux durant la vacances précédant le tournage de la saison 5.

Puis dans le quatrième, Sheppard et son équipe trouvent le Dédale abandonné. Pendant que McKay travaille aux réparations, Teyla trouve un enregistrement dans l'ordinateur.

Le capitaine Sobol, apparemment le commandant du Dédale, signale que les équipements ont été transportés sur la planète, où lui et son équipe espèrent survivre assez longtemps pour être secouru.

Sheppard et son équipe ne s'inquiètent pas du sort de l'équipage mais plutôt de son commandant, totalement inconnu de tous..